答：按照《财政部 税务总局关于支持个体工商户复工复业增值税政策的公告》（2020年第13号）和《财政部 税务总局关于延长小规模纳税人减免增值税政策执行期限的公告》（2020年第24号）规定，你公司应当在办理二季度增值税纳税申报时，将减按1%征收率征收增值税的销售额100万元[101/(1+1%)=100]，填写在《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）》第1栏“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”，对应减征的增值税应纳税额2万元[(100×2%=2)]，填写在第16栏“本期应纳税额减征额”栏次。同时，你公司应当将本期减征的增值税应纳税额填入《增值税减免税明细表》减税项目相应栏次，填报时应准确选择减税项目相关代码，准确填写减税项目本期发生额等相关栏次。

　　若你公司二季度适用减征增值税政策的销售货物收入在三季度发生销货退回，那么对应的销售额应当从三季度销售额中扣减，在办理三季度增值税纳税申报时，将退货对应的销售额和对应按2%计算的减征增值税应纳税额（计为负数），分别计入《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）》第1栏“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”和第16栏“本期应纳税额减征额”栏次，并且应当同时填写《增值税减免税明细表》减税项目相应栏次。