计算股权转让所得时，如非居民向境内投资或转让股权时以人民币以外的币种计价的，应以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。

　　三、股权转让所得税的缴纳
　　按照企业所得税法规定，对非居民企业在我国境内取得股权转让所得应缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法规规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴，并于代扣之日起7日内向主管税务机关报送扣缴企业所得税报告表。将税款缴入国库。

　　扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，如股权交易双方均为非居民企业，且在境内交易的，非居民企业直接在证券交易市场转让境内上市公司股权等，由非居民企业自合同、协议约定的股权转让之日起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关申报缴纳企业所得税。

　　但如果被转让的境外控股公司所在国（地区）实际税负低于12.5%或者对其居民境外所得不征收所得税的，境外投资方（实际控制方）设立境外控股公司不具有合理的商业目的，仅仅通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权的，经主管税务机关审核报国家税务总局批准后，可按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在，即认定该境外投资方（实际控制方）取得了转让中国居民企业的股权所得，应按我国税法规定缴纳企业所得税。698号文件还规定，非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的。税务机关有权按照合理方法进行调整。

　　需要注意的是，国税函[2009]698号文件规定该通知自2008年1月1日起生效，发生在2008年以后所得的符合本通知规定的非居民股权转让所得都要追溯调整。

　　四、所得税扣缴管理及风险防范
　　国税函[2009]698号文明确要求，扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日）起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地负责该居民企业所得税征管的主管税务机关申报缴纳企业所得税，非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法的有关规定处理。