《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）规定，扣缴义务人未按照规定办理扣缴税款登记的，主管税务机关应当按照《税务登记管理办法》第四十五条、四十六条的规定处理。即扣缴义务人未按照规定办理扣缴税款登记的，税务机关应当自发现之日起3日内责令其限期改正，并可处以2000元以下的罚款；纳税人、扣缴义务人违反《税务登记管理办法》规定，拒不接受税务机关处理的，税务机关可以收缴其发票或者停止向其发售发票。

　　此外，《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）还规定，扣缴义务人未按规定的期限向主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》、合同复印件及相关资料的，未按规定期限向主管税务机关报送扣缴表的。未履行扣缴义务不缴或者少缴已扣税款的、或者应扣未扣税款的，非居民企业未按规定期限申报纳税的、不缴或者少缴应纳税款的，主管税务机关应当按照《税收征管法》及其实施细则的有关规定处理。对于扣缴义务人未履行扣缴义务不缴或者少缴已扣税款的、或者应扣未扣税款的，《税收征管法》规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。

　　[例]境外投资者A为非居民企业，于2008年1月投人中国居民企业B公司美元现汇210万美元，投入当期美元对人民币汇率为1：7.8087，同年6月投入B公司欧元现汇50万欧元，投入当期欧元对人民币汇率为1:10.4999；2008年10月投入港币现汇250万元，投入当期港币对人民币汇率为1:0.9683。该公司经审验后的注册资本折合人民币金额是210×7.8087+50×10.4999×250×0.9683，即2406.90万元。2010年1月投资者A公司将该股权转让给境内投资者C，其转让价款为人民币6000万元，当时美元对人民币的汇率为1:6.285。

　　由于投资者A首次投入资本时的币种为美元。则股权转让价和股权成本价以美元计算，首先考虑将不同期间的欧元、港币外汇折算为美元的汇率。
　　2008年6月欧元兑美元汇率=770.55/1049.99≈0.7339
　　2008年10月美元兑港币汇率=751.08/96.83≈7.7567
　　2009年12月美元兑人民币汇率=6.8285

　　计算股权转让价=6000万人民币／6.8285=878.67（万美元）

　　股权转让成本：第一次为210万美元，第二次为68.13万美元（50万欧元／0.7339），第三次为32.23万美元（250万欧元／7.7567），合计为310.36万美元。
　　股权转让所得=878.67-310.36=568.31（万美元）
　　股权转让应纳所得税=568.31万美元×100%×6.8285=388.07（万元）人民币