三、项目部预缴税款证明计入总机构预缴税款

　　青国税函[2010]115号规定：建筑企业总机构在办理企业所得税预缴，应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明，可在国税办理企业所得税季度申报前，集中一次录入“预缴税款调整”模块，作为当期预缴税款处理，具体操作如下：

　　（一）建筑企业总机构抵缴税款时，须上门办理企业所得税季度申报，同时报送跨地区设立项目部预缴税款缴款书的正式件和复印件，经办税服务厅审核后在申报表中右下方“税务机关填写栏次”中填写准予抵缴税款金额，在缴款书正式件加盖“已抵缴”章并退回，复印件留存。

　　（二）纳税人填写企业所得税季度纳税申报表时，应将税务机关审核后准予抵缴税款金额，填入申报表的“实际已缴所得税额”。

　　（三）办税服务厅受理企业所得税季度纳税申报表之前，依据审核确认的预缴税款金额，录入CTAIS“预缴税款调整”模块，所属期为当季。

　　[解读分析]青地税发[2010]90号并没有如何抵缴项目部预缴企业所得税的规定，该规定应该仅限于总机构隶属于青岛市国家税务局管辖范围内的建筑企业。对于总机构归属青岛地税管辖或者外省市建筑企业可以借鉴执行。项目部预缴税款后，完税证明及在项目所在地预缴纳税申报表反馈至总机构便于总机构在所在地正常申报还是有必要的。

　　四、总机构设立跨地区二级分支机构的企业所得税征收管理

　　如前所述，国税发[2008]120号规定：2008年底之前已成立跨区经营汇总纳税企业，2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致；2009年起新增跨区经营汇总纳税企业，总机构按基本规定确定的原则划分征管归属，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门相一致。

　　国税函[2010]39号强调：建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。

　　青国税函[2010]115号规定：建筑企业总机构设立跨地区二级分支机构，按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。

　　[解读分析]跨地区二级分支机构还包括二级或二级以下分支机构直接管理的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等）。例如河北省甲建筑施工企业在山东省市设立有分公司D，分公司D在青岛市设立有项目部F，则F经营业务收入当先汇总至二级分支机构山东分公司D的收入中，再按照国税发[2008]28号规定办法计算。