在长期待摊费用方面，条例中无论是在定性规定还是定量规定上都适当放松了限制。在第六十八条中，将企业所得税法第十三条第(一)项和第(二)项所称固定资产的改建支出，明确为“是指改变房屋或者建筑物结构、延长使用年限等发生的支出”。那么，企业对折旧期届满或经营租入固定资产进行简易维护、粉刷之类而发生的费用便不再强求长期摊销。在第六十九条中，将企业必须长期待摊的固定资产大修理支出，明确应“同时”符合两个条件，其中第一个条件为修理支出应达到取得固定资产时的计税基础50%以上，而国税发[2000]84号文中规定的比例为20%，且在若干条件中只要符合条件之一即须长期待摊。不过，如果企业尚未折旧期满的固定资产进行改建而发生的支出，应该按条例第五十八条(六)项的规定增加固定资产计税基础。条例第七十条规定：企业所得税法第十三条第(四)项所称其他应当作为长期待摊费用的支出，自支出发生月份的次月起分期摊销，摊销年限不得低于3年。此类费用一般是指开办费等，原税法规定要求分5年摊销，且摊销起点为“开始生产、经营的次月起”。
　　关于生物资产，应注意的是普通企业的绿化费不属于生产性生物资产，不应资本化并加以折旧。
　　7、企业之间的管理费及企业内部费用结算等。条例第四十九条规定：“企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除”。这一规定终止了原内资企业经税务机关批准可向集团内总公司上交管理费的政策，今后，企业之间如果确实相互提供劳务、共享资源的，应按独立企业的交易原则结算价款。这一规定也改变了原税法中外商投资企业总机构可向分支机构分解费用方面的规定。
　　8、捐赠支出。新法及条例中对公益性捐赠的定性、扣除比例、限额计算基数、公益性社会团体特征、受赠国家机关的级次等都作了统一。在实务中，应注意税务机关要求使用捐赠专用收据的问题。
　　三、税基式、税率式、税额式优惠：主次分明而又目标一致
　　新法中突出了对特定产业和项目给予税收优惠的政策导向，逐步弱化地区优惠，统一了内外资企业的税收优惠，条例在此方面又作了诸多具体规定。纳税人在适用新税收优惠政策时应注意如下几点：
　　1、新法及条例规定的税率优惠是针对纳税人的，能否享受这些优惠税率，企业应进行身份认定，“对号入座”。如符合条件的国家需要重点扶持的高新技术企业适用15%的税率;符合条件的小型微利企业适用20%的税率;而非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，可就其来源于中国境内的所得按10%的优惠税率缴纳企业所得税。只要符合规定条件，“企业”便是优惠的对象，整个企业的相应所得都按优惠税率计税。